Zagrożenia dzieli się na trzy grupy:

• biotyczne (np. szkodliwe owady, grzyby patogeniczne, ssaki roślinożerne);

• abiotyczne – ekstremalne zjawiska atmosferyczne (np. silne wiatry, śnieg, ulewne deszcze, wysokie i niskie temperatury);

• antropogeniczne – wywołane przez człowieka (np. pożary, zanieczyszczenia przemysłowe, zaśmiecanie lasu).

Zagrożenia biotyczne

W ochronie lasu przed owadami na terenie Nadleśnictwa Bystrzyca Kłodzka istotne znaczenie ma ochrona upraw drzew iglastych (modrzew, świerk) przed ryjkowcami, a szczególnie szeliniakiem.  Do prognozowania i zwalczania tych szkodników używa się pułapek klasycznych - wałków drewna lub płaty świeżej kory. Zebrane owady utylizuje się.

Ważnym zagadnieniem jest również ochrona przed szkodnikami pierwotnymi (liściożernymi), takimi jak brudnica mniszka i zasnuja świerkowa. W tym celu prowadzone są różne prace prognostyczne, np. liczenie samic brudnicy mniszki podczas przejścia przez zagrożone drzewostany w czasie kulminacji rójki, jesienne poszukiwania zimujących stadiów szkodników  świerka.

W ochronie lasu przed owadami istotne znaczenie ma ochrona drzewostanów świerkowych, szczególnie przed kornikiem drukarzem

Starsze drzewostany iglaste narażone są na szkody od szkodników wtórnych, takich jak kornik, rytownik i drwalnik. Ochrona przed tymi szkodnikami polega głównie na: wyznaczaniu, terminowym usuwaniu i wywożeniu z lasu drzew zasiedlonych, utylizacji resztek poeksploatacyjnych (gałęzi, kory) powstałych podczas pozyskiwania drzew zasiedlonych, terminowym wywozie pozyskanego drewna z lasu, a w razie jego pozostawania w lesie w okresie wiosennym i letnim – korowaniem i wykładaniem pułapek wabiących - feromonowych.

Bardzo ważnymi sprzymierzeńcami leśnika w walce z nadmiernym rozmnożeniem się szkodliwych owadów są ptaki. Aby poprawić ich warunki bytowania, wywieszamy w lasach budki lęgowe. Zimą, gdy panują trudne warunki, dokarmiamy również ptaki na masową skalę.

Duże znaczenie gospodarcze mają szkody powodowane przez zwierzynę (jeleń, sarna, daniej, dzik), którym zapobiega się w uprawach przez grodzenie, smarowanie repelentami, zabezpieczanie plastikowymi tubami oraz palikowanie cennych gatunków, a w młodnikach głównie przez zabezpieczanie osłonkami plastikowymi samozwijającymi, lub plastikową siatką. Zimą podczas wykonywania pielęgnacji młodników i drzewostanów pozostawia się zwierzynie ścięte gałązki na dwa – trzy tygodnie, co znacznie ogranicza spałowanie młodników.

Szkody abiotyczne

Przymrozki- W dojrzałym drzewostanie szkody wywołane mrozem nie mają takiego wpływu jak na szkółkach, gdzie młode sadzonki są zupełnie nieodporne na przymrozki, zarówno wczesne (na jesieni) jak i późne (wiosną). Istnieje kilka sposobów prewencyjnych, które stosuje się na szkółkach leśnych, w chwilach, gdy nastają duże mrozy:

- deszczowanie sadzonek czyli wykorzystywanie ciepła właściwego wody

- zadymianie czyli utrzymanie sadzonek w stworzonej, ciepłej chmurze dymu z ogniska

- wykorzystanie włókniny czyli nakrywanie sadzonek lekką tkaniną, która przepuszcza wodę i światło, a chroni przed zimnem do -5⁰

Szkody od śniegu i wiatru- Odporność na silne wiatry i okiść osiągana jest na przestrzeni lat dzięki systematycznie i prawidłowo prowadzonym cięciom w czasie zabiegów hodowlanych. Szkody od wiatru i śniegu rzadko występują w takim nasileniu, by zakłócić ład przestrzenny całego lasu. Oczywiście nie da się wykluczyć anomalii pogodowych, gwałtownych burz czy wichur, ale na szczęście takie zjawiska nie występują zbyt często. W czasie większych nawałnic czy burz zawsze znajdzie się kilkadziesiąt drzew, które zostaną przewrócone lub złamane. Takie drzewa nazywamy złomami (gdy są złamane) lub wywrotami (gdy są przewrócone).

Powodzie- Ten rodzaj szkód największe znaczenie ma na szkółkach i uprawach, w czasie których zatapiane są siewki i sadzonki. Lasy Nadleśnictwa Bystrzyca Kłodzka nie należą do terenów zalewowych, dlatego szkody spowodowane podtopieniami występują w minimalnej ilości.

Susze- Analogicznie do nadmiaru deszczu, w lesie mogą występować szkody spowodowane jego brakiem. Tak jak w przypadku pozostałych punktów, w czasie suszy najbardziej zagrożone są szkółki i uprawy. Sadzonki i siewki na szkółce łatwiej ochronić ze względu na obecność deszczowni, która regularnie dostarcza potrzebną ilość wody. Niestety na uprawach leśnicy mogą liczyć tylko na deszcz.

Zagrożenia antropogeniczne

Jednym z elementów ochrony lasu jest ochrona przeciwpożarowa lasu . Nadleśnictwo zaliczone jest do III kategorii zagrożenia pożarowego o małym zagrożeniu pożarami lasu . Największe zagrożenie pożarowe występuje w okresie wiosennego wypalania traw na nieużytkach rolnych , drugim okresem zwiększonego zagrożenia jest pora zbioru płodów runa leśnego . Straty powstałe w wyniku pożarów często są niewymierne. W płomieniach giną liczne gatunki fauny i flory łąkowej i leśnej, następuje zubożenie przyrody.

Największe zagrożenie pożarowe na terenach leśnych spowodowane jest jednak nieprzestrzeganiem przepisów przeciwpożarowych przez ludzi przebywających w lesie. Z ustawy o lasach wynika m.in., że w lasach i 100 metrów od nich nie można używać otwartego ognia.